Руководить непосредственно штурмом Тадж-Бека, так назывался дворец Амина, было поручено полковнику КГБ Бояринову Г.И., тогда начальнику Курсов усовершенствования офицеров КГБ СССР. В его подчинении находилось две группы: «Гром», из 24 бойцов группы « Альфа» под командованием Романова М. М., и «Зенит», состоящий из 30 офицеров специального резерва КГБ СССР с командиром Семеновым Я.Ф. «Вторым эшелоном» прикрытия были 520 бойцов «мусбата» под командованием Халбаева Х.Т. и 9-я рота 345-го отдельного гвардейского парашютно-десантного полка, 80 бойцов с командиром Востротиным В. во главе. На всех советских бойцах, участвующие в штурме , была афганская военная форма, не имеющая знаков различия.

27 декабря, днем, во время торжественного обеда по случаю возвращения из Москвы секретаря ЦК НДПА Панджшири, многие гости и сам Х. Амин почувствовали себя плохо, некоторые, в том числе и Амин потеряли сознание. Это дало о себе знать так называемое «спецмероприятие» КГБ. Поскольку о дате проведения торжественного обеда было известно заранее, и была возможность подготовиться, внедренный в окружение охраны Амина нелегал в ходе приема подмешал в еду порошок, вызвавший пищевое, не смертельное отравление афганского Президента и его ближайших сподвижников. Перед началом операции нужно было вывести руководство страны из строя хотя бы на время. Была срочно вызвана медицинская помощь из Центрального военного госпиталя и поликлиники советского посольства. Продукты и напитки были отправлены на срочную экспертизу, а повара были задержаны. Произошедшее насторожило охрану и была объявлена тревога.

По злой иронии судьбы спасением Амина занимались именно советские врачи, которые не имели не малейшего понятия о планируемой операции по свержению диктатора. Существуют воспоминания С. Коноваленко, полковника медицинской службы запаса, который был направлен в Афганистан в составе хирургической бригады в мае 1979 года по приглашению афганского правительства. С началом гражданской войны много местных врачей уехало из страны и Афганистан очень нуждался в медиках, особенно в хирургах. 27 декабря 1979 года доктор Тутохел, главный хирург Афганистана, подполковник медицинской службы, приехал за бригадой советских врачей, сказав что необходимо срочно ехать во Дворец. Военные хирурги Алексеев А. и Коноваленко С., анестезиолог Шанин А. и терапевт Кузниченко В. немедленно отправились туда. Проходя через зал заседаний увидели необычную картину — члены правительства, а их было где-то восемь человек, то ли спали, то ли были без сознания. На столе стояли различные напитки, закуска… Врачей быстро провели мимо, прямо в кабинет Амина, где в задней комнате тот лежал на кровати без сознания. Врачи начали приводить его в чувство, применяя все необходимые для этого средства. Когда минут через 20 Амин пришел в себя, он тут же, взяв автомат, направился куда-то в сопровождении охранников. По мнению врачей, и Амин и члены правительства не были отравлены, скорее всего, им дали снотворное, чтоб на какое-то время «выключить». Выполнив свою работу, врачи собрались покинуть дворец, но буквально сразу же началась стрельба и внезапно везде погас свет, раздались взрывы. С. Коноваленко вспоминал: «Стреляли все, со всех сторон, а мы лежали на полу. Темнота сплошная. Нападавшие, занимая каждую комнату, непременно стреляли. Ворвавшиеся в нашу кричали — «русские есть?» и услышав наш ответ очень обрадовались что наконец нас нашли». В этом штурме погиб врач Кузниченко В.

Штурм Тадж-Бека начался 27 декабря 1979 года в 19:30 по местному времени. Советскими снайперами были сняты часовые у танков, которые были вкопаны в землю рядом с дворцом. Затем самоходные зенитки «Шилка» открыли огонь по дворцу и по расположению афганского танкового батальона охраны, чтоб не дать афганским экипажам добраться к танкам. Бойцы «мусбата» плотным огнем заблокировали батальон охраны, не давая возможности тем выбраться из казармы. Под эти прикрытием спецназовцы КГБ на четырех БТР направились ко дворцу. Попав в здание, штурмующие «зачищали» этаж за этажом, ведя автоматный огонь и применяя гранаты в помещениях.